Alain Bunyoni aliyefutwa kazi baada ya kudaiwa kuwa na mipango ya kufanya mapinduzi dhidi ya Serikali ya Rais wa Burundi Evariste Ndayishimiye  aliyeingia Madarakani baada ya Kifo cha Rais Pierre Nkurunzinza.

Kwa mujibu wa Nyaraka, Bunyoni aliyefikishwa mahakamani akiwa na Pingu mikononi anakabiliwa na mashtaka ya kudhoofisha jitihada za Serikali katika kuinua uchumi wa Taifa, kudhoofisha usalama wa Taifa na kumiliki silaha kinyume cha Sheria.

Aidha Bunyoni alikuwa mtu wa karibu wa Hayati Pierre Nkurunziza akiwa na ushawishi mkubwa ndani ya Chama Tawala cha CNDD-FDD na alichukuliwa kama Mkuu wa Baraza la Viongozi wa Kijeshi wenye nguvu ya kisiasa kiasi cha Rais Ndayimishiye kudai anatengwa na kundi hilo.